新一醒来时，还十分的迷茫，自己竟然没有死！可是看着自己的小手以及自己身上不合身的衣服，他后知后觉反应过来，自己变小了！
当被警卫发现时，他还有点没反应过来，被警卫送到医务室时，他一首在说自己看到了一个犯罪组织的交易现场，要求报警，并且强调自己是工藤新一。
但是没有一个人相信，都认为这是小孩子的恶作剧。
新一看着不相信他的大人，一股无力感涌上来，他跑出了医务室，不知道到哪里，最后选择回家。
跑到家门口时，却发现自己连家门都开不了。
就在这时阿笠博士回来了，新一通过推理，让阿笠博士相信自己就是新一。
顺利进入家的新一换上了小学的衣服，并希望博士给自己研究解药，但并没有学过生物医药的博士自然没有办法。
于是新一便希望能够找到他们从他们手上找到解药。
阿笠博士见新一还没有搞清楚事情的严重性，郑重的说：“如果他们知道工藤新一还活着的话，一定还会来杀你的，这样一来你周围的人也会遭遇危险的。”
就在这时，小兰进来了，原来是她刚才给新一打电话但对方没有接，十分担心对方就到家里来了。
情急之下，新一躲到桌子后面，因为戴上老爸的高度数眼镜而弄出声响被小兰发现，随后便化身江户川柯南。
经过阿笠博士的劝说，决定住进毛利家以查清组织的下落。
就在两人到达侦探事务所时，恰巧碰见一件据说黑衣人绑架的案子，柯南的雷达被触发，紧跟着上去。
最后这个案子和那群家伙一点关系也没有，而是假的绑架案演变成真的绑架案。
柯南也正式住进了毛利家，转学进帝丹小学一年级B班，和帝丹三小只组建了少年侦探团，开始了小学生生活。
至于组织，从一次在列车上知道那两个男人叫琴酒和伏特加，以及一个被误杀的龙舌兰以外就没有其他收获了。
『看着少年极力解释却没有一个人相信的无力感，众人都十分的心酸，明明半天前他还是意气风发的高中生侦探，现在却是一个不被人相信的小学生，这其中的落差足够将人击垮。
“新一很坚强。”兰看着少年从未放弃，一次次努力的身影说道。
“原来江户川柯南是这么来的啊，我说怎么一种假名字的感觉，怎么就没有人怀疑这个名字呢。”松田吐槽道。
抱歉啊，取一个这么假的名字。柯南半月眼。
“柯南君，你有点应激了，不是组织成员都穿黑衣，也不是穿黑衣的都是组织成员。”安室透笑道，但是也能够理解，毕竟刚刚变小，还不了解组织，这么激动也可以理解，但也更令人心酸，究竟经历过什么，才能成长到如今将组织骗得团团转啊。
“柯南的适应能力很强么，这么快就和孩子们玩成一片了。”伊达航点着头称赞。
“是啊，那三个孩子很厉害哦，这么小就有这么强的能力了，长大后一定会成为优秀的警官呢。”萩原研二夸赞。
本来看到柯南竟然是新一哥哥，十分低落的孩子，在听到研二的夸赞时，顿时红了脸，很不好意思，但是悄悄挺首了胸膛。
“是的哦，元太的勇气，光彦的智慧，步美的细心都很棒。”景光温柔的夸赞着，他是真的觉得这几个孩子很厉害，能够做到这么多的事情，如果好好培养的话，说不定能成为很优秀的警察。
“不过，下次行动的时候如果再谨慎一点的话会更好哦。”研二趁机说道。
三小只点了点头。』
柯南变小的一个月后，夜晚，工藤宅，沉寂了一个月的府邸迎来了不速之客。
几个身穿黑衣的人和一个穿白大褂的茶色头发女孩进入后便分开了，在别墅里搜寻着什么。
雪莉进入工藤新一的房间，打开衣柜后，发现小学时的衣服不见了，顿住了，似是想到了什么，离开了这里。
搜索结束后，雪莉回到实验室，打开电脑上的用药名单，找到工藤新一，将状况不明改为了死亡，随后抬起胳膊盖住眼睛，嘴角微微上扬。
『“这是组织的人吧，他们来工藤家要干什么？”
“糟了，小学时的衣服不见了，她不会怀疑了吧。”
“组织对每一个用药的人都会有记录么？”
“我刚才好像看到了羽田浩司，是我看错了么。”
羽田秀吉表情凝重，不，没有看错，但是这样的话也就意味着父亲是在调查组织的时候失踪的，甚至极有可能遇害了。
“喂，小鬼，这个叫雪莉的什么结果？”松田问柯南。
“嗯？阵平酱怎么这么问？”
“呵，这个女孩子肯定知道些什么，但是却选择将工藤新一隐藏下来，这样心怀善良的人，我可不认为在那个组织能活很久。”
柯南愣住了，好厉害，竟然仅从这一个细节就推理出来了，“雪莉己经死了。”
“怎么会？这个大姐姐之前还救过我们？”三小只都很悲伤。
灰原哀静了静，选择抱住他们安慰道：“这个大姐姐只是去选择自己想要的生活了，她现在很高兴。”
雪莉死了么？原来如此。诸伏景光看着小女孩儿，思索着。』
拉斯维加斯。
微风拂过少女的头发，本是十分温柔的清风却让少女一阵咳嗽，然而她全部的注意力都放在电脑上的新闻，那是日本报道少年侦探团的新闻。
千奈的目光集中在戴眼镜的柯南身上，神情莫测。
盗一推门进来，将窗户关住，“千奈，白先生说你这段时间要静养，不宜消耗太多精力。”
“没事，老师。日本那边的消息如何。”
“工藤新一失踪了一个月，学校那边是请的长假，江户川柯南是在一个月前出现在毛利侦探事务所的。工藤夫妇前段时间回了趟日本，没呆两天就又返回美国了。”
随着盗一的话，千奈将柯南的照片和新一小时候的照片进行比对，“哦？自己的独生子莫名失踪了，却没有选择报警。”
“有可能是那孩子参与到什么案子中呢，毕竟那孩子是一个好奇心十分重的侦探。”
“的确被卷到案子中了，而且还是一个跨国犯罪组织。”看着电脑上的比对结果，千奈冷声道，“好奇心害死猫。”
千奈虽然不知道对方是怎么招惹上组织的，但是应该是好奇心驱使，结果误入了组织的任务，然后被喂了药。
“老师，您去和白先生沟通一下吧，将治疗加快，我要尽快回国。”
盗一担忧的说：“千奈，目前的治疗己经濒临你的身体极限了，再加快，你会撑不了的。”
“老师，在任务没完成之前，我是不会死的。”
“千奈，再缓缓，好么，目前日本也没有什么大乱子。”
千奈叹了口气，看着新一的资料，说：“老师，依你对他的了解，这孩子是会坐以待毙的性格么？我有预感，这孩子绝对会和组织正面对上。”而且将会是这场跨越了世纪的斗争的突破点。
盗一知道劝不动她了，便离开去和白先生沟通了。
千奈在他离开后，快速敲打着键盘，输入一串串代码，打开了某个入口。
将江户川柯南的资料完善后加入到户籍资料中。
做完这一切后，千奈己经满身是汗，双手也止不住的颤抖。
她微微活动了手腕，勾起一个自嘲的笑容。真是讽刺啊，现在竟然要靠之前在户籍系统中留下的锚点才能进入，而且这种程度的入侵，身体就撑不住了。
看着江户川柯南的资料，目前只要柯南不作死到招惹到那几个情报组成员，那么这份资料也足够用了。
