暮色中的敷岛港笼罩在咸涩的海风里，铁锈斑驳的防波堤上爬满了藤壶，浪涛拍打礁石的声响与海鸥的嘶鸣交织成了不祥的序曲。神琦悠真倚在刻有玄武岩碑前，指尖抚过"明治二十六年"字样的凹陷处——那是1893年龙神号沉没的年份。
碑文底部结着一层暗红色的海藻，像凝固的血迹一般与夕阳辉映着。远处废弃灯塔的旋转光束扫过岩壁，照亮了刻在礁石群间的古老符咒，形似海军旗上的十六瓣菊纹。
九条玲子的高跟碾过满地的松针，检察官徽章折射着远处「龙神丸」纪念雕塑的探照灯光。这座七米高的青铜雕塑是七年前的台风夜打捞船骸时铸造的，此刻船艏像的眼窝处正渗出浑浊的水珠，仿佛亡灵垂泪一般。
村长三上武男的眼神在九条的脚踝上一扫而过，和服下摆上金线刺绣的波浪纹在暮色中泛着诡异的流光，腰间佩刀鞘尾的菊纹徽记与神琦警服肩章上的樱花暗纹形成宿命般的呼应。当他躬身行礼时，和服领口露出了颈侧烧伤的疤痕，形状酷似被炮烙的船锚印记。
"这是我们的一点心意，幽灵船的事就拜托了。"三上递来的支票沾着深海特有的腥气，蜡封印记形似西百年前海军将领的头盔。九条接过支票的瞬间，柯南的眼镜捕捉到了她无名指内侧未消的绳索勒痕——神琦在温泉旅馆时将她反铐在梁柱上，美其名曰"防范袭击的保护措施"。镜片反光里，三上的木屐底部沾着蓝紫色的苔藓，与海军资料馆台阶上的特殊菌种完全一致。
毛利小五郎的演讲台架设在海军资料馆的遗址上，松木搭建的临时舞台缝隙中渗出了暗红的苔藓，像是某种古老生物渗出的体液。当这位糊涂侦探说到"如何破除封建迷信"时，音响设备突然爆出了刺耳的蜂鸣，舞台下方埋藏的土制炸药轰然炸裂。
九条刚想上前查看，爆炸气浪己经掀翻了整排观礼席，空气中弥漫着硫磺与海盐混合的刺鼻气味。碎裂的木屑如刀片般飞溅开来，在神琦的脸颊上划出血痕，他顺势用着这些遮挡住了射向毛利兰的铁钉。
浓烟中，九条玲子一个侧滚避开了坠落的横梁，制服被钢筋划破的裂口处露出了腰腹处的痕迹——那是在温泉被神琦"审讯"时留下的特殊印记。她伸手擒住了戴着鬼面具的盔甲武士手腕，柔术的技能令袭击者的佩刀瞬间脱手。
刀刃插入地面的瞬间，月光照亮了刀镡处的"月见"二字，与资料馆展出的「海军少佐遗物」十分吻合。当九条准备扯下其面罩时，背后突然传来了重物坠海的闷响，三上武男颤抖着指向漆黑的海面："这一定是…是海军亡灵的报复......"
月光穿透云层，众人终于看清了那竟是旅行社商人上原康夫的尸体。他紧紧攥着的手绘地图标注着山体隧道的坐标，羊皮纸的边缘粘着未完全融化的深海蓝藻。神琦用镊子夹起半片残破的航海日志，泛潮的纸页上隐约可见"神风特攻队第三中队......自爆指令......"的字样，墨迹的晕染处形成了酷似幽灵船轮廓的污渍。
神琦踹开己经尘封了二十年的海军档案室，霉变的《明治海军日志》里夹着半张氰化物合成配方，泛黄纸页上的化学式与三上家纹惊人的相似。柯南的伸缩吊带卡在了通风管道锈蚀的格栅间，他用腕表上的照明灯扫过墙壁，照亮了某块砖石上的新鲜刮痕——暗门机关启动的瞬间，山体裂缝的深处传来了齿轮咬合的呻吟。
龙神丸锈蚀的船艏抵着岩壁，船舱内散落着刻有三棱菊纹的模具。九条抚摸着船体上的弹孔，手套上沾染的磷光物质与上原指甲缝里的残留物基本相同。当她撬开暗格时，还未启封的明治时期的军用罐头滚落出来，标签上"第三舰队"的字样泛着幽绿的荧光。
暗处突然传了来碎石滚落声，中村跌跌撞撞的爬出隧道："他们要在涨潮时炸毁......"话音未落，悬崖下方传来肉体撞击礁石的钝响，海风中飘来了浓重的苦杏仁味，与海军资料馆祭坛供奉的「镇魂酒」的气味如出一辙。
翌日清晨，验尸上报告显示，中村坠崖前曾饮用了掺入箭毒木汁的清酒。神琦扫描过金块模具，隐藏的芯片显示着三上家族与东京某建筑公司的资金流水，最近一笔标注"龙神复兴计划"的转账数额，恰好是七年前幽灵船打捞工程的预算缺口。
柯南悄悄将微型摄像头嵌入了毛利小五郎的领带，画面里三上武男正对着电话低语："处理掉最后两个知情人......"背景音中隐约传来了汽笛的长鸣，声纹分析显示这与龙神号遇难时雾笛声的频率惊人的一致。
当九条在悬崖边拾到半枚带血的家徽时，神琦突然将她拽进了海蚀洞的阴影之中。检察官的后背紧贴着岩壁，神琦的呼吸扫过她耳后未愈的咬痕："别动，他们在搬运着什么。"
百米外的礁石群中，三个戴着鬼面具的身影正在将炸药箱沉入水下洞穴，为首者脖颈处的烫伤与白天袭击毛利的盔甲武士完全吻合。潮水漫过了他们的小腿，月光将人影拉长成了扭曲的形态，而远处的海平面上，隐约浮现出了幽灵船的轮廓，船身上的铁锈在月光下泛着血色的光泽，桅杆断裂处垂落的缆绳如同绞刑架上的套索一般。
